(1598 – 1605)
Царь Фёдор Иванович не оставил после себя преемника. Вся Москва присягнула его кроткой супруге Ирине Фёдоровне. Но она не пожелала власти и удалилась в Новодевичий монастырь, где постриглась в монахини.
Для выбора государя был созван земский собор. Патриарх Иов указал народу на Бориса, как на человека самого достойного занять престол. Два раза Годунов отказывался. Наконец после неоднократных просьб духовенства и народа Борис согласился быть царём.
1-ого сентября, в праздник Нового года, совершилось царское венчание Бориса. Принимая благословение от патриарха Иова, Борис сказал: «Бог свидетель, что не будет в моём царстве нищего, последнюю рубашку разделю с народом».
В первые годы царствования он привлекал льготами переселенцев в Сибирь, вызывал в Россию иностранцев, посылал молодых учиться за границу.
В Москве Борис давал бедному люду заработок, предпринял несколько сооружений, например, была построена колокольня Ивана Великого, превышавшая все здания на Руси.
Он имел намерение открыть в Москве школы, где преподавались бы иностранные языки, но духовенство не одобрило этого плана.
Несмотря на все свои заботы, он быстро потерял народное расположение благодаря своей подозрительности.
Жертвой его подозрительности сделался Богдан Бельский, которого обвинили в злых умыслах против царя и сослали.
Братьев Романовых обвинили в намерение отравить царя и заточили по дальним местам. Старшего из братьев, Фёдора Никитича, постригли в монахи под именем Филарета.
Щедрая милостыня во время голода и морового поветрия не успокоила черни. Обвинение в убийстве царевича Дмитрия и слух о появлении самозванца сократили его жизнь, и в апреле 1605 года Борис Годунов неожиданно для всех скончался.